Сравнение ЯМР и РСА моделей

Для работы был выбран низкомолекулярный белок тирозиновая фосфатаза - 1BVH (ЯМР, 15 моделей), 1DG9 (РСА, разрешение 1.9 Å)

Рис.1. Совмещение структур РСА (зеленая) и одной из 15 моделей ЯМР (голубая)

Выбранные водородные связи:

• Внутри альфа-спирали: SER19/O - GLU23/N (Рис.2) 2.8
• На поверхности глобулы: ASP48/O - VAL51/N (Рис.3) 3.4
• Между боковыми цепями: ARG27/NH2 - GLU23/OE1 (Рис.4) 2.8

Рис.2. Водородная связь внутри альфа-спирали

Рис.3. Водородная связь в петле на поверхности глобулы

Рис.4. Водородная связь между боковыми цепями

Таблица 1. Сравнение водородных связей в моделях РСА и ЯМР

Судя по приведенным данным, структуры РСА и ЯМР слабо схожи между собой. Наиболее стабильны связи внутри альфа-спирали. Водородная связь на поверхности белка встречается только в одной модели ЯМР. Это мало, но в целом низкий процент встречаемости ожидаем из-за высокой подвижности аминокислотных остатков на поверхности белка. Водородная связь между боковыми цепями не наблюдается ни в одной модели ЯМР, она также находится на расстоянии от ядра.